黑莓果汁飲料代加工冷殺菌方法有物理殺菌和化學殺菌兩大類。物理殺菌是運用物理手段，如場（包括電場、磁場）、高壓、電子、光等的單一作用或者兩種以上的共同作用，在低溫或常溫下達到殺菌目的的方法。常見的物理殺菌技術有超高壓脈沖電場殺菌、脈沖強光殺菌、高壓靜電場殺菌、半導體光催化殺菌、微波殺菌和輻照殺菌等。
黑莓果汁飲料代加工的殺菌工藝選擇原則：既要殺死微生物，又要盡可能減低對產品品質的影響。常用的方法：高溫短時(93±2℃/15~30s)。殺菌后的灌裝：高溫灌裝(熱灌裝)和低溫灌裝(冷灌裝)。果實飲料，除紙質容器外，幾乎都采用熱灌裝(由于滿量灌裝，冷卻后果汁容積縮小，容器內形成一定的真空度)罐頭中心溫度>70℃。
黑莓果汁飲料代加工萃取得到的果汁會繼續氧化和酶化，即使保存在冷藏環境也會在五天內變壞。必須采用額外的處理工藝，對于冷榨果汁技術，高壓處理（HPP）是更好的選擇。果汁中存在大量的氧氣，會使果汁中的vc遭破壞，氧與果汁中的各種成分反應而使香氣和色澤惡化，會引起馬口鐵罐內壁腐蝕，在加熱時更為明顯。常采用真空脫氣法，氮氣交換法。
